​Se da seguimiento al vertido, movimiento,degradación, tratamiento y atenuación de contaminantes, tanto químicos como biológicos, en el aire, agua, suelos y alimento. Se hace énfasis en contaminantes que destacan en la región tales como plaguicidas y patógenos emergentes.

​Estudio de los efectos de los procesos hidrológicos en la distribución, estructura y función de los ecosistemas y de los efectos de los procesos biológicos en los componentes del ciclo hidrológico. La investigación se basa en la asunción de que el desarrollo sostenible de los recursos hídricos depende de la habilidad para mantener los procesos de circulación de agua, nutrientes y flujos de energía, establecidos evolutivamente, a escala de cuenca o ecosistema.

​Estudio multidisciplinario sobre la interacción de los procesos hidrológicos, ecológicos y los usos del suelo para el desarrollo de estrategias de gestión encaminadas a conservación de los recursos hídricos y de los ecosistemas (acuáticos y terrestres) en una cuenca bajo un contexto sostenible social y económico. La investigación se basa en los efectos que los cambios de uso del suelo, las alteraciones de los sistemas hidrológicos y el cambio global generan en el suministro de agua.

​Se optimizan procesos biológicos para la recuperación de analitos a partir de residuos provenientes de industrias procesadoras de alimentos tanto de origen vegetal como de origen pecuario a fin de darles un valor agregado. Se desarrollan y validan metodologías de cromatografía de líquidos y gases para la caracterización bioquímica de los productos aislados.

​Se plantea la utilización de herramientas biotecnológicas tales como el uso de transgenes, microorganismos benéficos, extractos vegetales, para introducir elementos innovadores en los sistemas agrícolas que permitan reducir el impacto de los factores limitantes de la producción.

​Generar y aplicar conocimientos en la producción de metabolitos de interés agroindustrial y su aplicación en las áreas que permitan el desarrollo de la región, atraves de la vinculación y el desarrollo tecnológico.

​Esta LGAC identifica, describe, explica y evalúa el comportamiento de las diferentes especies animales así como las enfermedades de estos y su impacto en la calidad de los productos y subproductos de origen animal y en la salud pública.

Se aplican técnicas moleculares avanzadas como genómica y transcriptómica para descubrir regiones cromosómicas asociadas a caracteres fenotípicos de importancia productiva en animales y estudiar la expresión diferencial de genes. También se desarrollan protocolos de biotecnología avanzada para el control de ovulación y fertilización in vitro, y para transferencia de embriones, así como la evaluación del potencial reproductivo en sementales y del impacto del medio ambiente sobre la fertilidad.

​Desarrollar bioensayos para optimizar las tecnologías actuales de producción de organismos acuáticos.

​Desarrollar, aplicar y optimizar bioprocesos para la obtención de bioproductos y servicios que impacten en áreas como ambiente, salud, farmacéutico, acuícola, pecuaria, agrícola y alimentos.