En 1986 el ITSON puso en marcha el programa Maestría en ingeniería en Optimización de Sistemas Productivos (MOSP), orientado a formar recurso humano experto en el dominio de las técnicas de optimización de los recursos humanos, materiales y financieros.
A partir de 1998 como producto del Desarrollo Curricular del Posgrado del ITSON, se decide rediseñar la MOSP y como producto del análisis se genera un nuevo programa buscando aprovechar la experiencia adquirida a lo largo de 13 años impartiéndolo, planteando con ello un nuevo y moderno enfoque acorde a las características de la región y es así como se estructura e inicia operaciones el nuevo programa de Maestría en Ingeniería en Sistemas Productivos (MISP). Con el nuevo programa se buscaba formar profesionales calificados en el diseño y administración de sistemas productivos en organismos públicos y privados utilizando para ello un enfoque de sistemas.
Como todo programa educativo, la MISP se sometió a un proceso de revisión curricular para determinar las acciones a emprender respecto a la pertinencia y eficiencia del mismo. Después de un análisis riguroso, se determinó que el programa había cumplido su ciclo y había que generar otro nuevo que diera respuesta a lo detectado en los estudios del contexto. Es en este marco que surge como respuesta la Maestría en Ingeniería en Logística y Calidad (MILC), en 2005, buscando formar un egresado orientado a la gestión del sistema logístico, fundamentado en un sistema de calidad que genere ventajas competitivas a las organizaciones y les permitan insertarse con éxito en un mercado globalizado.
El programa cuenta con el respaldo de un Núcleo Académico Básico compuesto por un grupo de nueve profesores de tiempo completo con amplia experiencia en materia de investigación y consultoría de alto nivel, tanto en el tema de sistemas logísticos como de calidad. Además, los profesores se encuentran adscritos a dos Cuerpos Académicos reconocidos por el PROMEP, lo que significa que el programa cuente con el apoyo que se requiere para ofertar cursos de alto nivel académico y compartir con sus alumnos, experiencias prácticas que les servirán para transferir sus conocimientos y experiencias en las organizaciones a las cuáles prestan sus servicios profesionales.