En 1986, el ITSON puso en marcha el programa Maestría en Ingeniería en Optimización de Sistemas Productivos (MOSP), orientado a formar recurso humano experto en el dominio de las técnicas de optimización de los recursos humanos, materiales y financieros. A partir de 1998, como producto del Desarrollo Curricular del Posgrado del ITSON, se decide rediseñar la MOSP y es así como surge el programa de Maestría en Ingeniería en Sistemas Productivos (MISP), con el cual se buscaba formar profesionales calificados en el diseño y administración de sistemas productivos en organismos públicos y privados utilizando para ello un enfoque de sistemas.
Posteriormente, en el 2005, el programa de la MISP evoluciona y nace la Maestría en Ingeniería en Logística y Calidad (MILC), con un nuevo y moderno enfoque acorde a las características de la región. Asimismo, en este año, es cuando el ITSON está listo a apoyar a las empresas en la implantación de las Tecnologías de Información en sus negocios, con la instrumentación del programa de Maestría en Administración de Tecnologías de Información (MATI).
En el 2009, respondiendo a la estrategia institucional, con base en un análisis se genera un nuevo programa buscando aprovechar la experiencia adquirida a lo largo de más de 23 años, para formar profesionistas de manera integral, al fusionar la MILC y la MATI en un solo programa con ambos enfoques, para derivar soluciones integrales. Es así como se estructura e inicia operaciones el nuevo programa de Maestría en Ingeniería de Sistemas.
Este reto responde al entorno globalizado de los negocios, que obliga a las organizaciones a optar por esquemas innovadores que aseguren su productividad en un ambiente empresarial sin fronteras, basando sus ventajas competitivas en el uso de herramientas y dispositivos computarizados. Por ello, este nuevo programa reconoce que la incorporación de las Tecnologías de Información (TI) en los sistemas logísticos y en la gestión de los sistemas integrales de calidad, es un factor clave para la mejora de la competitividad de las organizaciones y de los países.