​​El plan de estudios del Doctorado en Ciencias Especialidad en Biotecnología es de cuatro años, divididos en ocho semestres, con un curso por semestre con créditos curriculares. Sin embargo, todos ellos son de carácter tutorial. 

En todos los casos el estudiante deberá sumar los créditos que corresponden a las actividades programadas en cada fase de su proceso de formación, que los tutores diseñarán con base en las necesidades académicas del estudiante, mediante un esquema de plan compuesto de Talleres, Seminarios, Cursos especiales, Labores de docencia, Trabajos de investigación con publicación de resultados.

El Programa tiene la característica de estar conformado por investigadores activos y con un fuerte compromiso de integrar investigación básica y aplicada con implicaciones directas en los sectores agropecuarios, acuícolas, medio ambiente y la salud, de reconocido prestigio, con obra publicada y con capacidad para ayudar a la formación de investigadores y organización de grupos de investigación;  su incorporación al programa será en líneas de investigación que han venido trabajando durante años y por las cuales han encontrado reconocimiento dentro de la comunidad científica.

La dirección tutorial se concibe como un principio central en el Programa de Doctorado en Ciencias en Biotecnología, lo cual potencia las capacidades y habilidades de los estudiantes para madurar como investigadores; igualmente, el trabajo de tesis de doctorado se desarrolla bajo la dirección permanente de su tutor, con el fin de que la atención personalizada se realice con mayor eficiencia.

 Distribución de Cursos por Semestre

 Requisitos de Permanencia

• ​Cada alumno deberá contar con un Tutor de seguimiento y un Comité Tutorial integrado por cinco profesores investigadores, en el cual se identificará a un Director de Tesis y, si es necesario o el caso, a un Co-director. Es recomendable que en el Comité Tutorial se incorpore al menos un profesor externo (Co-responsables externos). 
• ​Acreditar los cursos curriculares y aquellos (sin valor de créditos) que, a juicio del Comité​ de Admisión y de su Comité Tutorial, sean necesarios  para el desarrollo de proyecto de investigación.
• El Comité Tutorial pod​rá hacer sugerencias, recomendaciones y/o modificaciones, las cuales serán de carácter obligatorio, del proyecto de investigación para el fortalecimiento de áreas del conocimiento en las que el alumno muestre deficiencias.
• Cada alumno deberá presentar un informe semestral de sus actividades, en donde incluirá grado de avance del proyecto  investigación y actividades complementarias. El informe debe ser avalado por el Tutor de Seguimiento y el Director de Tesis.
• Cada alumno participará en un seminario de Avances semestral, entre profesores y alumnos del Programa, el cual será evaluado tanto por el Comité Tutorial como por los asistentes.

Requisitos para Obtener el Grado  

• ​El estudiante se considerará egresado al cumplir el 100% de los cursos curriculares del Plan de Estudios y cuando el Comité Tutorial considere cumplidas las actividades extra curriculares que se le hayan recomendado. El tiempo máximo para cumplir con lo anterior será  de cuatro años.
• Previo a su examen de grado el alumno deberá contar con al menos una publicación de su trabajo de investigación en una revista indizada (Science Citation Index o Catálogo de Revistas Científicas del CONACYT).
• El estudiante deberá entregar cinco copias de su tesis escrita, autorizada por su Comité  Tutorial. Adicionalmente la tesis se entregará en medio electrónico (archivo PDF).
• El estudiante deberá defender su tesis, en ceremonia de examen de grado, ante un jurado o sínodo constituido por cinco  profesores especializados en el área del tema de tesis.